Le Thomanerchor est seulement un demi siècle plus jeune que la ville de Leipzig. Il a vu une histoire de plus de 780 années marquée par la politique, local, religieuse et les conflits pédagogiques. Dans l'année 1212 Otto IV a confirmé la fondation d'un monastère Augustiner consacrée à St.Thomas. Le monastère a inclus une école pour préparer des petits pour une carrière cléricale et à quelques garçons de l'extérieur du monastère a aussi été admis. Au commencement, chanter pour la liturgie faisait partie de l'éducation.
Le Thomascantor le plus connu était Johann Sébastien Bach qui a travaillé ici de 1723 à 1750. Sa musique est une partie importante du répertoire de la chorale